Sultan IV. Mustafa hırçın bir tabiata sahipti. Babası I. Abdülhamid öldüğünde 10 yaşında olan padişah III. Selim'in saltanatı boyunca sarayda özgürce bir hayat yaşadı. Ancak Kabakçı Mustafa İsyanı sırasında III. Selim'in tahttan indirilmesine göz yumması hatta neden olması söz konusudur. 14 ay süren saltanatında III. Selim'in ıslahat için kurduğu Nizam-ı Cedit 1 Haziran 1807'de ortadan kaldırılmıştır.[sup][5][/sup]IV. Mustafa'nın tahta çıkmasıyla birlikte imparatorluğun merkezi otoritesinde çöküş yaşandı.[sup][6][/sup] Devlet yönetiminde üst düzeydeki kişiler öldürüldü. III. Selim'in mabeyincisi Ahmed Muhtar Bey, Umur-ı Bahriye Nazırı Hacı İbrahim Efendi, Sır Katibi Ahmed Faiz Efendi öldürülen kişiler arasındaydı. Nizam-ı Cedid ordusu dağıtıldı, yanlıları İstanbul'dan kaçtı veya yakalanıp cezalandırıldı. Bunun yanı sıra, Sultan III. Selim'in tahttan inişine sebep olan Kabakçı Mustafa ve isyanın diğer önemli isimleri devlet yönetiminde önemli mevkilere getiriliyorlardı. Örneğin, Kabakçı Mustafa turnacıbaşılıkla Rumeli Kaleleri Nazırı ve Ağası, Bayburtlu Süleyman ise Tersane-i Amire Sancak Kaptanı oldu.Osmanlı Devleti bu isyandan sonra yeniçerilere çok büyük tavizler verdi.[sup][7][/sup] Osmanlı tarihinde ilk defa daha önce rastlanmamış bir antlaşma yapıldı.[sup][8][/sup] Antlaşmaya göre isyanda ön planda olan Yeniçeri Ağaları ve yamaklar hiçbir ceza almayacak, isyandan sorumlu tutulmayacak ve buna karşılık bir daha ayaklanmayacaklardı.[sup][9][/sup]İsyandan sonra Sultan III. Selim yanlıları, Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa'ya sığınmışlardır. Alemdar Mustafa Paşa, 1806-1812 Osmanlı-Rus Savaşı sırasında büyük başarılar göstermiş bir Osmanlı paşasıdır ve Sultan IV. Mustafa'nın tahttan indirilip, II. Mahmut'un yerine geçmesinde aldığı rol ile bu dönemin en önemli isimlerindendir.Rusçuk Ayanı Alemdar Mustafa Paşa'nın İstanbul'a Gelmesi[değiştir | kaynağı değiştir]Ana madde: Alemdar Mustafa PaşaAlemdar Mustafa Paşa ve yandaşları III. Selim'i tekrar tahta geçirmek için bazı görüşmeler yapmaya başladılar. Nihayet 16.000 kişilik bir ordu ile İstanbul'a yürüyen Alemdar Mustafa Paşa, Hacı Ali Ağa'yı İstanbul'a göndererek Kabakçı Mustafa'yı öldürttü (19 Temmuz 1808). Ordusuyla birlikte İstanbul'a gelen Alemdar Mustafa Paşa birçok isyancıyı da öldürdükten sonra Babıali'ye geldi. Arif Efendiyi (Arapzade) şeyhülislam yaptıktan sonra saraya gitti.Sultan IV. Mustafa, Alemdar Mustafa Paşa'nın Sultan III. Selim'i padişah yapmak için geldiğini söyleyen şeyhülislamı kovdu ve kardeşi Şehzade II. Mahmut ve III. Selim'in öldürülmesini emretti. Sultan III. Selim hemen öldürüldü. Şehzade Mahmut ise cariyelerin ve hizmetkarlarının yardımıyla sarayın çatısına kaçırıldı. Alemdar Mustafa Paşa, Sultan IV. Mustafa'yı tahtan indirerek yerine Sultan II. Mahmut'u getirdi. Sultan II. Mahmut, kendisinin tahta çıkarılmasını sağlayan Alemdar Mustafa Paşa'yı sadrazam yaptı.Alemdar Mustafa Paşa'nın sadrazamlığı ve II. Mahmut'un padişahlığı sırasında sarayda yaşayan IV. Mustafa yeniçerilerin onu tekrar padişah yapmaya çalıştıkları bir ayaklanma sırasında Sultan II. Mahmut'un emriyle 17 Kasım 1808'de öldürüldü.[sup][10][/sup] Babasının Eminönü'ndeki türbesine defnedildi. Acımasız bir tabiata sahip olan ve ihtirasları karşısında zayıf durumlara düşerek ülkede kaos ortamı oluşmasına sebep olan Sultan IV. Mustafa ıslahat hareketlerine karşı tutumuyla Osmanlı tarihine geçti.Hat sanatıyla uğraşmıştır. Osmanlı tarihinde Sultan V. Murat'dan sonra en kısa süre tahtta kalan padişahlardan birisidir.