İlk Bundesliga sezonunda Bayern München ligi üçüncü bitirdi ve DFB-Pokal'in sahibi oldu. Böylece bir sonraki sezon UEFA Kupa Galipleri Kupası'na katılmaya hak kazandılar. Finale çıkan ekip, finalde İskoç ekibi Rangers'ı Franz Roth'un uzatma dakikalarında attığı golle 1-0 yendi ve kupayı kazandı. 1967'de takım bir kez daha DFB-Pokal'i kazandı ancak ligde gelmeyen başarılar nedeniyle takımın başına Branko Zebec getirildi. Zebec, Bayern'in agresif futbolunu, daha disiplinli bir tarza çevirdi ve 1969 yılında Almanya tarihinin ilk dublesini yapıp hem ligi hem de kupayı kazandılar. Zebec, sezon boyunca sadece 13 futbolcuya şans vermişti.

1970'te takımın başına Udo Lattek geldi. İlk sezonunda Lattek, DFB-Pokal'i kazandı. İkinci sezonunda ise Bayern'e üçüncü Almanya şampiyonluğunu kazandırdı. Sezonun en kritik maçı olan Schalke 04 maçı Olympiastadion'da oynanan ve Bundesliga tarihinde televizyondan yayınlanan ilk maç oldu. Bayern, maçı 5-1 kazanarak lig şampiyonluğunu ilan etti. Sonraki iki sezonda da ligi kazanan takım, 1974 yılında Atlético Madrid'i 1-1'in tekrarında 4-0 yenerek Avrupa Şampiyonu oldu. Takım, bu başarıyı bir sonraki sezon da tekrarladı. Roth ve Müller'in son dakikalarda attığı gollerle Bayern, Leeds United'ı 2-0 yendi. Maçtaki hakem hatalarına isyan eden ve finalin oynandığı Paris'te olay çıkaran taraftarları yüzünden Leeds ekibi üç sene Avrupa müsabakalarından men edildi. Bir yıl sonra Glasgow'da Saint-Étienne ile final maçına çıkan Bayern, yine bir Roth golü ile Avrupa şampiyonluğunu ilan etti ve kupayı üst üste üç kez kazanan üçüncü takım oldu. Bu başarılı dönemin son kupası Cruzerio'yu yenerek kazandıkları Kıtalararası Kupa'ydı. 1970'lerin son yıllarında takım değişime gitti. 1977'de Beckenbauer New York Cosmos'a gitti. 1979'da Sepp Maier ve Uli Hoeneß futbolu bıraktı, Müller ise Fort Lauderdale Strikers'a transfer oldu