1980'ler Bayern'in saha dışında personel ve finansal problemler yaşadığı bir dönem oldu. Saha içinde ise Paul Breitner ve Karl-Heinz Rummenigge ikilisinin başını çektiği takım büyük başarılar elde etti ve 1980 ve 1981 yıllarında Bundesliga şampiyonlukları kazanıldı. 1985 - 1990 yılları arasında ise 5 şampiyonluk kazandılar. Avrupa'da ise 1982 ve 1987 yıllarında Şampiyon Kulüpler Kupası finaline kalsalar da kupayı kazanamadılar.