1990'lar: Daum, ikincilikler ve Seba'nın görevden ayrılması Beşiktaş, 1993-94 sezonu orasında teknik direktörlüğü ünlü Alman teknik adam Christoph Daum'u getirdi. İlk sezonunda takıma Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nı getiren Daum, 1994-95 sezonunda ise takıma 11. şampiyonluğunu yaşattı. Bir sonraki sezon takımı Şampiyonlar Ligi'ne taşıyamayıp, ligde de başarısız olunca Daum sezonun bitmesine iki hafta kala görevini bıraktı. 1996-2000 yılları arasında Galatasaray'ın üst üste 4 şampiyonluk yaşadığı yılların üçünde Galatasaray'ın en büyük rakibi Beşiktaş olmuş ve ikinciliği elde etmiştir. Ligde altıncı olduğu 1997-98 sezonunda ise John Benjamin Toshack yönetiminde 1997-98 UEFA Şampiyonlar Ligi'ne katılarak tarihinde ilk kez Şampiyonlar Ligi'ne katıldı. Toshack, Beşiktaş'a ayrıca aynı sezon Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası da kazandırdı.