Merhaba, bu konuda bir uygulamadan bahsedeceğim. Ben wordpress için kullanıyorum, bu sebeple bu kategoride açma gereği duydum. 
Bu uygulama sayesinde örn: xxx wordpress eklentisinden 2 farklı dosya var ve hangi dosyada hangi kod değişmiş bunu görmek istiyorsunuz. Aşağıda linkini bırakıyorum, indirip inceleyebilirsiniz. Kullanımı kolaydır. 

İndir

edit: Sadece wordpress dosyalarında geçerli değil, bu uygulama sayesinde başka altyapı kodlamalarının da farklarını öğrenebilirsiniz.