UEFA Intertoto Kupası 2006, Intertoto Kupası'nın turnuva formatında yapılan değişiklikten sonra düzenlenen ilk organizasyondur. Beş yerine üç karşılaşma esası benimsenmiştir. Üçüncü turda turu geçen takımlar UEFA Kupası'na ikinci turdan başlamıştır.